◆2012年1月1日~2013年7月31日，執(zhí)行財(cái)稅〔2011〕111號(hào)文件。
此期間發(fā)生的國(guó)際貨運(yùn)代理服務(wù)，一般納稅人和小規(guī)模納稅人延續(xù)了原營(yíng)業(yè)稅政策，支付給非試點(diǎn)、試點(diǎn)納稅人的價(jià)款，允許從其取得的全部?jī)r(jià)款和價(jià)外費(fèi)用中扣除，即差額征稅計(jì)算方式相同。需要注意的是，一般納稅支付給試點(diǎn)納稅人的價(jià)款，如果取得增值稅專用發(fā)票時(shí)，通過(guò)認(rèn)證后可以抵稅，故不得重復(fù)享受差額征稅優(yōu)惠政策。
◆2013年8月1日~2013年12月31日，執(zhí)行財(cái)稅〔2013〕37號(hào)文件。
結(jié)合財(cái)稅〔2013〕106號(hào)文件的追溯條款，此期間發(fā)生的國(guó)際貨運(yùn)代理服務(wù)執(zhí)行免稅政策，但僅適用于直接代理。同時(shí)，該文件保留了有形動(dòng)產(chǎn)融資租賃差額征稅政策，國(guó)際貨運(yùn)代理服務(wù)不分一般納稅人和小規(guī)模企業(yè)提供，差額征稅政策均被取消，即此期間該項(xiàng)服務(wù)不得扣除任何項(xiàng)目（包括行政事業(yè)性收費(fèi)），應(yīng)統(tǒng)一按照增值稅計(jì)稅方法計(jì)稅。
財(cái)稅〔2013〕37號(hào)文件未考慮差額征稅政策的延續(xù)性，為保持與財(cái)稅〔2011〕111號(hào)文件的協(xié)調(diào)性，財(cái)稅〔2013〕106號(hào)文件補(bǔ)充規(guī)定，注冊(cè)在北京市、天津市等9省市的試點(diǎn)納稅人提供應(yīng)稅服務(wù)（不含有形動(dòng)產(chǎn)融資租賃服務(wù)），憑2013年8月1日前開(kāi)具的符合規(guī)定的憑證計(jì)算的部分，在2013年8月1日前可按有關(guān)規(guī)定以扣除支付價(jià)款后的余額為銷售額的，此前尚未抵減的部分，允許在2014年6月30日前繼續(xù)抵減銷售額，到期抵減不完的不得繼續(xù)抵減。
◆2014年1月1日至今，執(zhí)行財(cái)稅〔2013〕106號(hào)文件。
國(guó)際貨運(yùn)代理業(yè)恢復(fù)了部分差額征稅政策，但一般納稅人與小規(guī)模納稅人實(shí)行不同的抵扣項(xiàng)目，小規(guī)模納稅人可以扣除向委托方收取并代為支付的行政事業(yè)性收費(fèi)，一般納稅人除可扣除委托方收取并代為支付的行政事業(yè)性收費(fèi)外，還可扣除支付給國(guó)際運(yùn)輸企業(yè)的國(guó)際運(yùn)輸費(fèi)用。同時(shí)，在該行業(yè)引入免稅政策，并分別強(qiáng)調(diào)了適用差額征稅、免稅政策的前提。
差額征稅政策、免稅政策要求委托方必須是直接代理。另外，免稅政策還要求試點(diǎn)納稅人向委托人收取的全部代理服務(wù)收入，以及向其他代理人支付的全部代理費(fèi)用必須通過(guò)金融機(jī)構(gòu)結(jié)算，并追溯至2013年8月1日，即只要符合條件，就可實(shí)行免稅政策。如果當(dāng)時(shí)開(kāi)具的是增值稅專用發(fā)票，需將專用發(fā)票追回后方可適用免稅政策。該項(xiàng)政策不區(qū)分一般納稅人和小規(guī)模納稅人。
◆國(guó)家稅務(wù)總局公告2014年第42號(hào)針對(duì)財(cái)稅〔2013〕106號(hào)文件“直接代理”問(wèn)題作出了進(jìn)一步補(bǔ)充，自2014年9月1日起，擴(kuò)大國(guó)際貨運(yùn)代理業(yè)免稅范圍。
不管是直接提供還是間接提供國(guó)際貨物運(yùn)輸代理服務(wù)，只要最終提供的服務(wù)是國(guó)際貨物運(yùn)輸代理服務(wù)，不再區(qū)分直接代理還是間接代理，就可以享受免稅政策。前提是通過(guò)金融機(jī)構(gòu)結(jié)算。需要注意的是，貨代公司為大陸與香港、澳門、臺(tái)灣地區(qū)之間的貨物運(yùn)輸提供貨物運(yùn)輸代理服務(wù)的，參照國(guó)際貨物運(yùn)輸代理服務(wù)有關(guān)規(guī)定執(zhí)行。
◆各時(shí)期的稅收文件都強(qiáng)調(diào)扣除憑證必須符合法律法規(guī)的規(guī)定。
1.支付給境內(nèi)單位或者個(gè)人的款項(xiàng)，以發(fā)票為合法有效憑證；
2.支付給境外單位或者個(gè)人的款項(xiàng)，以該單位或者個(gè)人的簽收單據(jù)為合法有效憑證，稅務(wù)機(jī)關(guān)對(duì)簽收單據(jù)有疑義的，可以要求其提供境外公證機(jī)構(gòu)的確認(rèn)證明；
3.繳納的稅款，以完稅憑證為合法有效憑證；
4.扣除政府性基金和行政事業(yè)性收費(fèi)，以省級(jí)以上財(cái)政部門印制的財(cái)政票據(jù)為合法有效憑證；
5.國(guó)家稅務(wù)總局規(guī)定的其他憑證。
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